在正常情況下，色譜柱至少可以使用3—6個月，能完成數百次以上的分離。但是，若操作不慎，將使色譜柱很易損壞而不能使用。因此為了保持柱效、柱容量及滲透性，必須對色譜柱進行仔細地保養。
1．色譜柱極易被微小的顆粒雜質培塞，使操作壓力速升高而無法使用，因此必須將流動相仔細地蒸餾或用0.45μm孔徑的濾膜過濾。在流動相組貯槽與色譜柱間，安裝0.45μm孔徑的過濾器。在柱子上端接頭處裝上多孔過濾片，以防止固體顆粒進入色譜柱中。在水溶液流動相中，細菌容易生長，可能堵塞篩板加入0.01％NoHa能防止能防止細菌生長。
2．使用進祥閥進樣，以防止注射器進樣時、注射隔膜碎屑堵塞柱子入口。
3．對硅膠基鍵合相填科，水溶液流動相的PH值不得超出2—8．5的范圍，使溫度不宜過高。柱子在酸性或堿性條件下使用之后，。應依次用水、甲醇清洗，對暫時不用而需要較長時間保存的柱子，要用純甲清洗，柱子兩端用金屬螺帽封閉，保存于干凈的有機溶劑中。
4．要防止色譜柱被振動或撞擊，否則柱內填料床層產生裂縫和空隙，會使色譜峰出現“駝峰”或“對峰”。
5．要防止流動相逆向流動，否則將使固定相層位移，柱效下降。
6．使用保護柱。連續注射含有未被洗脫樣品時，會使柱效下降，保留值改變。為了延長柱壽命，在進樣閥和分析柱間加上保護柱，其長度一般為3—5cm，填充與分析柱性質相似的表面多孔型固定相，因此可干法填裝。而且價廉、更換容易。實驗表明，使用保護柱后，除了使擴為零的組分的塔板數減少外，其柱效下降很少。
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